Ich bin jetzt ja auch Glaser, aber da ich schonmal Fliesen geschnitten habe weiß ich, dass rein rechteckiges Stück HERAUSschneiden (also nicht ABschneiden) wesentlich schwieriger ist. Ganz abgesehen davon, dass die Stabilität des Glases vermutlich stark darunter leiden wird, und dann ggf. einfach an den inneren Schnittecken einreisst.
Das gebohrte Loch hat meiner Laienkenntnis zufolge bei ordnungsgemäßer und nicht zu großer Ausführung keine allzugroße Auswirkung auf die Stabilität der "behandelten" Scheibe.
Wird aber beides nicht im laufenden Betrieb gemacht.
Eine Alternative, die ich bei jemandem (ich glaube hier aus dem Forum) auch schon gesehen habe, ist die Unterteilung des Hauptbeckens. Also einen Technikschacht im hinteren Teil des Beckens. Dabei geht aber noch mehr vom ohnehin schon knappen Platz im NanoBecken "flöten".
Dabei könnte man so etwas aber eventuell auch im laufenden Betrieb machen, sofern noch Platz vorhanden ist. Das gesamte Riff einige Zentimeter nach vorne schieben, dann die Trennscheibe reinmachen, und dann mit Plexiglas-Klötzchen o.ä. den Abstand zur Rückwand "fixieren". Wasserfrei bekommt man das so dann natürlich nicht, aber um dort die "Technik" verschwinden zu lassen, könnte es das tun. Das Problem dabei könnte aber das zu wenig zirkulierte Wasser im "Technikabteil" sein. Algen, Schmodder, Schimmel, etc.
(aber schon so vom Hersteller)